Скачиваем архив ioncube_loaders_win_vc9_x86.zip
Копируем ддлки из него в C:\WebServers\usr\local\php5\ext
В php.ini пишем

zend_extension="\usr\local\php5\ext\ioncube_loader_win_5.3.dll"

Вот собственно и всё, перезапускаем денвер и смотрим в phpinfo() результат.
Установка не для денвера особо отличаться не будет, только путем в дллке.